Театр основал его сегодняшний художественный руководитель, режиссёр Юрий Александров в 1987 году. В то непростое «перестроечное» время появилась потребность в новых сценических формах, художественных решениях и трактовках. Став авторской творческой лабораторией, театр быстро получил известность, завоевал внимание публики и критики как «живой оперный театр» и «театр поиска».

В тот кризисный для музыкального искусства период традиционный оперный театр во многом оказался не в состоянии отвечать запросам современной реальности, в то время как постановки Юрия Александрова полностью соответствовали сути той эпохи.

До 1998 года у театра не было собственного здания, и когда коллектив получил в своё распоряжение дом барона фон Дервиза на улице Галерной, это стало началом новой истории коллетива. В день 300-летнего юбилея Санкт-Петербурга новая сцена открылась мировой премьерой — оперой Г. Доницетти «Пётр I, или Невероятные приключения русского царя».

С конца 70-х и до сих пор Юрий Александров является режиссёром-постановщиком Мариинки. Его режиссура полна оригинальных идей, парадоксальных и неожиданных трактовок, своеобразной эстетики. В многогранном творчестве Александрова нет канонического взгляда на оперу, он проводит смелые эксперименты с классическими оперными текстами. Его постановки непростые по замыслу: в них много аллегорий и метафорических ходов. С помощью метафоры, своего излюбленного приёма, Юрий Александров воплощает своё внутреннее, философско-поэтическое видение искусства.

За последние десятилетия театр «Санктъ-Петербургъ Опера» обзавёлся обширным и разнообразным репертуаром. Среди его спектаклей — шедевры Дж. Пуччини («Тоска», «Мадам Баттерфляй», «Богема»), Г. Доницетти («Лючия ди Ламмермур», «Петр I, или Невероятные приключения русского царя»), П. И. Чайковского («Евгений Онегин», «Черевички»), редкие гости на сцене — «Норма» В. Беллини, «Электра» Р. Штрауса, «Эсмеральда» А. С. Даргомыжского — и многие другие.

Каждый новый спектакль театра становится значимым событием в культурной жизни Петербурга. Его горячо обсуждают критики в печатных статьях, а зрители не могут оставаться равнодушными, ведь оперные спектакли в постановке Юрия Александрова звучат современно и актуально. В каждом сезоне театр номинируется на «Золотую маску» и другие престижные театральные премии.

Артисты театра молоды и талантливы. Многие из них закончили Санкт-Петербургскую консерваторию, но есть и те, кто приехал из других городов России — Юрий Александров знает, как открывать новые голоса.