До 2000 года музей использовался как наглядная аудитория при обучении студентов медуниверситета имени Мечникова. Высокий уровень оформления препаратов и смотровых образцов гарантировал эффективность подачи материала. В 2000 году у музея началась новая эра. Художники-некрореалисты Кустов и Юфит с помощью сотрудников музея выпустили проект-инсталляцию «Приближение». Он был посвящен 550-летнему юбилею Леонардо да Винчи и стал самым громким проектом городского фестиваля современного искусства в традиционных музеях. Во время мероприятия музей осмотрело около 1500 человек. Он пользовался настолько большим успехом, что руководство приняло решение открыть музей для посетителей.
В структуру музея входит семь отделов. В историческом отделе судебной медицины и одноимённой кафедры хранятся оригиналы рукописей знаменитых ученых-медиков, их вещи, фотоснимки, автографы.
В отделе судебно-медицинской патологии находятся муляжи повреждений различной степени тяжести от разнообразных внешних вмешательств.
На влажных препаратах отдела патологий студенты знакомятся с морфологией изменений наружных и внутренних органов при разных болезнях, известных в судебной и медицинской практике.
Аномалии развития человека нашли своё отражение на стендах отдела медицинской тератологии. Гидроцефалические изменения и эктопии внутренних органов, двухголовые люди и сиамские близнецы — все эти отклонения стали наглядными пособиями при обучении медиков.
Отношение к смерти у различных художников проявляется по-разному. Об этом свидетельствует экспозиция художественно-танатологического отдела. В неё входят живописные картины, скульптуры, фотоснимки, конструктивы.
Раритетные библиотечные издания XIX—XX веков, огромное количество медицинских таблиц и кодограмм, компьютерная база патологий, мемориальные собрания книг — всё это составляет отдел научно-учебной информации. Библиотечный фонд включает в себя более пяти тысяч изданий, посвящённых судебной медицине.
Среди раритетных экспонатов можно выделить медицинские атласы Гофмана, микроскоп его коллеги Чистовича, кусочек блокадного хлеба за ноябрь 1941 года, переданный музею Андреевой-Галаниной, и другие редкости.
Туристические справочники включают музей судебной медицины в число лучших музеев Петербурга.
Посещение музея происходит организованными группами. Для экскурсионного обслуживания необходима предварительная запись.
Отзывы о музее судебной медицины Мечникова