Николай Константинович прожил в Петербурге 42 года, Елена Ивановна — 38 лет, здесь же родились их дети. В своё время Николай Рерих часто бывал в особняке академика Боткина — своего коллеги, с которым он проработал 18 лет в Императорском обществе поощрения художеств (в настоящее время — Санкт-Петербургское художественное училище имени Николая Рериха). Это здание до сих пор украшает Васильевский остров, именно в нём расположен Музей-институт семьи Рерихов. Архитекторами дома на Николаевской набережной были Жан-Батист Леблон и Доменико Трезини. Его постройку относят к 1720 году.

Наследие семьи, бережно собранное племянницей Елены Рерих, Людмилой Степановной Митусовой и её семьёй, было подарено музею и составило основу его мемориальной коллекции. Большой вклад в её пополнение внесли владельцы частных собраний. На сегодняшний день фонд музея насчитывает около 15 000 экспонатов, среди которых личные вещи Рерихов, рукописи, произведения живописи, декоративно-прикладного искусства, археологические находки, фотографии и другие предметы, которые дают представление о жизни семьи. Из наиболее интересных вещей можно отметить семейный киот XIX века работы неизвестного автора, бювар Елены Рерих, шкаф-бюро XVIII века, азиатскую ширму, оригиналы эскизов и рисунков Николая Рериха. Интерес у посетителей вызывает альбом рисунков Евгения Лансере и портрет Стёпы Митусова работы Фёдора Братского.

Музей задумывался не просто как сокровищница, таящая в себе секреты жизни известного семейства, но и как центр изучения его творческого наследия. Основанный в апреле 2001 года, он принял первых посетителей только в марте 2007 года. В музейном пространстве часто проходят разного рода семинары, выставки, творческие вечера, концерты. Сотрудниками музея проводится большая работа по пропаганде творческого наследия семейства: организовываются обменные и выездные выставки, проводится активная издательская политика. Музей принимает участие в крупных российских и зарубежных выставочных проектах.

Площадь экспозиционно-выставочной части — 135 м², ещё 40 м² отдано под хранение фондов.

Стоимость входного билета для взрослых — 250 рублей, для школьников и пенсионеров — 120 рублей, льготным категориям вход бесплатный.